Agar bao gồm một hỗn hợp của hai polysaccharid: agarose và agaropectin, với agarose chiếm khoảng 70% hỗn hợp. Agarose là một polyme mạch thẳng, được tạo thành từ các đơn vị lặp lại của agarobiose, một disaccharide được tạo thành từ D-galactose và 3,6-anhydro-L-galactopyranose. Agaropectin là một hỗn hợp không đồng nhất của các phân tử nhỏ hơn xuất hiện với số lượng ít hơn và được tạo thành từ các đơn vị xen kẽ của D-galactose và L-galactose được biến đổi nhiều với các nhóm phụ có tính axit, chẳng hạn như sulfat và pyruvate.[16][17]

Agar có hiện tượng hyteresis, tan chảy ở 85 °C (358 K, 185 °F) và đông đặc từ 32–40 °C (305–313 K, 90–104 °F).[18] Tính chất này tạo ra sự cân bằng phù hợp giữa dễ tan chảy và độ ổn định gel tốt ở nhiệt độ tương đối cao. Vì nhiều ứng dụng khoa học yêu cầu ủ ở nhiệt độ gần với nhiệt độ cơ thể con người (37o C), agar thích hợp hơn các chất làm đông đặc khác tan chảy ở nhiệt độ này, chẳng hạn như gelatin.